En el tiempo de la Reforma, tanto católicos como protestantes se sentían autorizados para imponer sus ideas mediante la violencia de las armas. En el fondo, todos seguían pensando que la unión entre el cristianismo y el imperio romano, tal como había tenido lugar en el tiempo del emperador Constantino (siglo IV), había sido algo positivo.
Los anabautistas cuestionaron esta idea. En la Escritura descubrieron que el pueblo de Dios es un pueblo distinto de los demás pueblos, llamado a ser testigo de la nueva vida que recibimos con Cristo. Los anabaustistas aceptaban la autoridad del estado en sus competencias, pero pensaban que los creyentes no están llamados a ejercer la autoridad del estado, ni a imponer ningún credo por la fuerza. Su ciudadanía es la del Reinado de Dios, y su Rey es Jesús. La pertenencia a la iglesia es libre, y presupone la fe.
Por eso, en una época en la que católicos y protestantes hacían arder las hogueras, y mucho antes de que la ilustración empezara a hablar de «tolerancia», los anabautistas defendieron la libertad de conciencia para todos los grupos religiosos.
Todavía hoy muchos estados siguen favoreciendo una determinada religión, y muchos iglesias siguen aspirando a ser sostenidas por el estado. Todavía hoy muchos presuntos cristianos siguen utilizando el estado para perseguir sus propios fines políticos, económicos o religiosos. Por eso, el testimonio anabautista de una iglesia libre e independiente del poder sigue teniendo plena validez.